Звездные Врата Атлантида: Экспедиция под командованием доктора Элизабет Вейр отправляется в город Древних, Атлантиду. Они достаточно быстро попадают в серьёзную переделку и вынуждены искать союзников в этом новом мире, однако вместе с ними они находят и новых врагов — Рейфов. Отрезанной от Земли экспедиции нужно попытаться своими силами разобраться с технологиями Древних и найти способ победить рейфов. Майор Джон Шеппард создаёт команду «первого контакта» из себя, Родни Маккея, лейтенанта Форда, и лидера Атозианцев — Тэйлы Эммаган. Во время одной из своих первых миссий они «зарабатывают» себе ещё одного врага в лице Дженаев — милитаристской человеческой цивилизации с технологиями на уровне 50 годов. Сезон заканчивается на «неоднозначном финале» когда Атлантис находится под осадой Рейфов.
