оманде Атлантиды удалось остановить флот Рейфов, не дав ему достигнуть Земли, и потерпев очередное поражение с ретровирусом, команда встречает третий год в галактике Пегас. Всё еще находясь под опасностью нового вторжения Рейфов, они находят еще более страшных врагов расу Асуран. В результате неудачного эксперимента они полностью разрежают свой МНТ и снова остаются без надежных средств связи с Землёй и защитного поля для города. Однако очень скоро в космосе они находят затерянный корабль Древних, экипаж которого «конфискует» Атлантиду и выгоняет оттуда экспедицию, как только попадает в город. SGC посылает в город генерала О’Нилла и Ричарда Вулси с дипломатической миссией о восстановлении отношений между Землёй и Древними и возврате экспедиции в город. Однако очень скоро О’Нилл и Вулси связываются с Землёй и сообщают, что город захвачен Асуранами которые напали и убили Древних, но позже несмотря на противодействия командования основной команде Атлантиды удаётся отбить город у Асуран.
Конец сезона начинается с того, что Земля наносит упреждающий ядерный удар по родной планете Асуран, с целью уничтожить флот готовящийся отправиться к Земле. Асуране контр атакуют Атлантиду при помощи спутника с мощным лучевым оружием, город удаётся вывести из под удара за счёт починенных Асуранами двигателей. Сезон заканчивается, когда город неожиданно оказывается в обычном пространстве на полпути к планете с энергией на 24 часа работы щитов и доктором Вейр при смерти.
